La gestione del Parco è affidata ad un ente di diritto pubblico, sottoposto a controllo, vigilanza e tutela dell'Assessorato regionale del territorio e dell'ambiente: l'Ente Parco dei Nebrodi.
Organi di gestione sono:

• il Presidente, cui compete la legale rappresentanza dell'Ente ed è nominato dal Presidente della Regione su proposta dell'assessore dei territorio e dell'ambiente;
  Allo stato attuale è stato nominato, dall'Assessorato Regionale Territorio ed Ambiente, il Commissario Straordinario dell'Ente Parco Antonino Ferro. che svolge il ruolo e le funzioni di competenza del Presidente.

• il Vice Presidente, Dott. Bruno Mancuso;

• il Consiglio del Parco, preposto alle attività di programmazione e di indirizzo, è formato dal Presidente del Parco, dai 24 Sindaci dei comuni del Parco e dai Presidenti delle province di Messina, Catania ed Enna;
  
  
• il Comitato Esecutivo, che rappresenta l'organo di amministrazione attiva e cui sono ascritte le competenze residuali dei Consiglio, è composto dal Presidente, dal Presidente dei Comitato tecnico scientifico, Prof.ssa Antonia Messina dai Capi degli ispettorati ripartimentali delle province competenti e da 4 membri eletti dal Consiglio del Parco: Ciro Gallo - Sindaco di Acquedolci,  Giuseppe Spinello, Sindaco di Alcara Li Fusi,  Antonio Caputo - Sindaco di Cesarò e Antonio Pinzone Vecchio - Sindaco di S.Domenica Vittoria.
  
  
• il Collegio dei revisori, che esercita funzioni di vigilanza sull'attività amministrativa e contabile-finanziaria, è formato dal Presidente, Dott.ssa Vaccaro Angela, e due componenti: Dott. Mario Pantano e Dott. Antonino Ficcaglia nominati dall'Assessore regionale dei territorio e dell'ambiente (uno designato dal medesimo Assessore, uno dall'Assessore regionale bilancio e finanze ed uno scelto tra gli iscritti nel ruolo dei revisori ufficiali dei conti). 

Il Comitato tecnico scientifico, esprime parere su ogni questione riguardante i valori ambientali e lo sviluppo delle risorse ambientali dei parco, nonché determina i criteri generali attuativi dei regolamento che indirizzano l'attività autorizzatoria dell'Ente parco; ne fanno parte:

• 8 esperti in varie discipline accademiche designati dai consigli di facoltà degli atenei interessati territorialmente dal parco;
  
  
• 6 esperti designati dalle associazioni ambientaliste più rappresentative;
  i Capi degli ispettorati ripartimentali delle foreste ed i Soprintendenti per i beni culturali ed ambientali, competenti per territorio.

La Comunità del parco, cui viene riconosciuta la facoltà di presentare proposte di iniziative di carattere economico e sociale, nonché di esprimere valutazioni sulle attività svolte e sui risultati conseguiti, riunisce in pubblica assemblea i rappresentanti delle organizzazioni di categorie economiche e produttive, sociali e culturali effettivamente operanti nel territorio dei parco.